第１審（東京地裁平成２５年９月２６日判決）は、割増賃金についてＸの請求全額である２００万円余、付加金についてＸの請求金額の約１０％である２０万円の支払を命ずる判決を言い渡した。本判決のポイントとなる点は、以下のとおりである。

1. （１） 労働基準法３８条の３、同法施行規則２４条の２の２、平成１４年厚生労働省告示第２２号によれば、専門業務型裁量労働制における「税理士の業務」とは、法令に基づいて税理士の業務とされている業務をいい、税理士法２条１項の税務代理、税務書類の作成、税務相談がこれに該当する。
2. （２） 専門業務型裁量労働制の対象となる「税理士の業務」は、税理士自身、すなわち、税理士となる資格を有し（税理士法３条）、税理士名簿への登録（同法１８条）を受けた者自身を主体とする業務をいう。もっとも、税理士または税理士法人の指示により、税理士または税理士法人が行うべき税務処理の作成等の業務を単なる補助者にとどまらない立場で事実上行う場合もあり得るが、その場合は、少なくとも、その業務が税理士または税理士法人を労務の提供先として行われるとともに、その成果が当該税理士または税理士法人を主体とする業務として顕出されることが必要である。
3. （３） Ｘは、Ｙら双方と労働契約を締結したものの、Ｙらに対し、そのいずれの業務であり、そのいずれが労務提供先となるのかを格別区別することなく、双方の業務が渾然一体となったものとして、その労務を提供していたものであり、Ｙらもいずれが労務提供先となるのかを格別区別することなく、労働の提供を受けていたから、専門業務型裁量労働制を適用することはできない。なお、書証及び弁論の全趣旨によれば、Ｘの業務は、税理士の補助業務にとどまることがうかがわれる。
4. （４） 割増賃金に対する遅延損害金について定める賃金の支払の確保等に関する法律（賃確法）６条２項、同規則６条４号は、事業主の賃金支払拒絶が天変地異と同視しうるような合理的かつやむを得ない事由に基づくものと認められる場合に限り、同法６条１項の適用を除外したものであるところ、本件においてそのような事由は認められないから、Ｙらは、年１４．６％の割合による遅延損害金を支払う必要がある。
5. （５） 本件において、Ｙらは、Ｘに対する割増賃金の支払をしていないが、その違反の程度や態様については、専門業務型裁量労働制に係る法令の解釈適用を誤ったことに起因するものであり、必ずしも悪質とはいえないが、他方で、Ｙらは、賃金全額払いの趣旨を潜脱する主張を重ねるといった事情も存することから、Ｘに対する付加金は２０万円とするのが相当である。

 本判決は、専門業務型裁量労働制の適用を否定した点については、第１審の判断を踏襲したが、割増賃金に対する遅延損害金、付加金の支払を命じた点についてはその判断を否定した。本判決のポイントとなる点は、以下のとおりである。

1. （１） Ｙらは、専門業務型裁量労働制の対象となる業務の範囲について、その業務を行う手段や時間配分の決定などについて、使用者が具体的な指示をすることが困難な業務か否かという観点から実質的に解釈すべきであると主張するが、この主張によった場合、「税理士の業務」概念の外延があいまいとなり、対象業務の明確性が損なわれ、専門業務型裁量労働制における対象業務を限定列挙方式とした趣旨が没却されるから、そのような主張は採用できない。
2. （２） 本件では、Ｘの時間外労働の割増賃金支払の前提問題として、専門業務型裁量労働制がＸに適用されるか否かが争点の１つとなっていて、その対象業務の解釈が争われているところ、この点に関する双方の主張内容や事実関係に照らせば、ＹらがＸの割増賃金の支払義務を争うことには合理的な理由がないとはいえないというべきであり、未払割増賃金に対する遅延損害金は商事法定利率（年６％）によるべきである。
3. （３） 本件に顕れた一切の事情、特に賃確法に基づく遅延損害金の支払請求の当否について判断したところを考慮すると、本件においては、Ｙらに対し、付加金の支払を命じるのは相当ではない。